Criado por Raphael Gama em 2012, ainda como blog, o Mangatom começou como um local exclusivo para reviews e previews de mangás. Seu primeiro texto foi um preview de Kongou Banchou, o qual não existe mais e foi substituído em 2013 por um review da obra completa.
Com o tempo tivemos equipe no site, algumas mudanças de foco e colunas extras. No fim abandonamos muito e incluímos muito mais. Hoje nosso foco são quadrinhos em geral, além de animações e filmes live action. A equipe se desfez, com Raphael contando apenas com ocasionais colaboradores. Também deixamos de ser um blog para virar um site, agora com o .com.br exercenso uma maior confiabilidade.
Tivemos um período focado em jogos no meio de tudo isso, mas esses passaram para o canal de Youtube Indie-A-tom, onde falamos de games indie, retro, tops e emuladores. O qual ajudou Raphael a encontrar seu rumo profissional como editor de videos e narrador.